In its current structure, el CEEPI cuenta con:
- Complejo de laboratorios que incluye, los de biogás e ingeniería ambiental, biología molecular, y de sistemas energéticos.
- Grupo de gestión de proyectos e inversiones.
- Consejo científico que define las estrategias científicas y la proyección de trabajo de los aspirantes.
- Grupo de colaboradores que surgen de los programas de capacitación, maestrías y doctorados que se gestan.
